Народився вчений у селі Верба Дубенського повіту на Волині в родині педагога, журналіста, кооператора, випускника Петроградської політехніки, члена Української Центральної Ради і дипломата Української Народної Республіки Дмитра Ісаєвича, особистого секретаря Михайла Грушевського в еміграції. Після закінчення середньої школи у Стрию, що на Львівщині, навчався на історичному факультеті Львівського університету ім. І. Франка, де написав перші історичні розвідки про середньовічний Дрогобич. Від 1958 до 2010 рр. працював у Інституті українознавства ім. І. Крип’якевича НАНУ (до 1993 р. — Інститут суспільних наук), пройшовши шлях від молодшого наукового співробітника до директора установи. Тривалий час молодим ученим опікувався відомий дослідник ГалицькоВолинського князівства і козаччини академік Іван Крип’якевич, який і визначив його наукові пріоритети. Відтак через кілька десятиріч Я. Ісаєвич став провідним медієвістом та істориком культури в Україні. У його доробку наукові та науковопопулярні праці, присвячені літопису ГалицькоВолинської Русі, рукописній і стародрукованій книзі, церковним братствам і цехам в українських містах ранньомодерної доби, українськопольським та українськоросійським відносинам у ХІХ—ХХ ст. Ученийполіглот багато друкувався не лише в Україні, а й за кодоном — у країнах Європи, Азії, Америки. Певний час працював в Українському науковому інституті Гарвардського університету, виступав із лекціями в університетах Польщі, Канади, Японії, Австралії. Обирався президентом Міжнародної асоціації україністів, головою Національного комітету істориків України, співголовою Польськоукраїнської історичної комісії при НАНУ і Польської академії наук. І донині не втратили популярності його книги “Першодрукар Іван Федоров і виникнення друкарства на Україні” (1975; 1983), “Преемники первопечатника” (1981), “Літературна спадщина Івана Федорова” (1989), “Українське книговидання: витоки, розвиток, проблеми” (2002), а також видання, які вийшли за його редакцією, — “Історія української культури” (том 2, 2002), тритомна “Історія Львова” (2006—2008) та ін.
